（省略） ・解析は実験可能な量に限る必要はありません。 孤立分子系や気相分子系と比べて、分子凝縮系では考慮をしなければならない分子数が桁違いに多くなる。 Atkins の "Physical Chemistry" の表記に従った。 Takagi 概要 気体分子間の位置エネルギー（ポテンシャル）を数式を用いて近似的に表した一例で、気体分子の輸送現象（平均自由行程、拡散、粘性など）を考える場合に必要な、気体分子の直径を与える。 タンパク質のフォールディングを駆動する物理化学的な要因として、疎水性相互作用や、水分子の並進エントロピーによる効果などが考察されてり、何が最も支配的な要因であるかについては、もっとも活発な議論の最中です。 そんため、それを中和するだけの数のイオン（カウンターイオン）を、対象系内に配置する方法がよく用いられている。 平衡状態においては、原子の速度はボルツマン分布に従うことが統計熱力学から分かっている。 ここで、原子の相対運動においてがない（回転によるがない）とした場合の、平衡原子間距離について考察する。 同種原子の間のポテンシャルを決めるパラメータがわかっているとき，以下の式で異種原子の間のパラメータを決めることができるとされています。 反応経路解析 ある原子系の状態を原子座標の３N次元の状態空間上の一つの点と考え、反応（拡散）前の状態の点と反応（拡散）後の状態の点の間にいくつかの中間状態（レプリカと呼ばれる）を設定して、仮想的な弾性バネで結合する。